医院设有神经内科、心血管内科、呼吸内科、消化内科、肾内科、内分泌科、血液内科、风湿免疫科、中西医结合科、康复医学科、神经外科、甲状腺肿瘤外科、胸心外科、肝胆外科、胃肠外科、泌尿外科、肛肠外科、骨科、妇科、产科、儿科、眼科中心、耳鼻咽喉科、口腔科、皮肤科、急诊科、精神科、疼痛科、中医科、中医伤科、烧伤科、针推科、重症医学科、手术麻醉部、体检中心、乳腺疾病诊疗中心、保健门诊、国际医疗保健中心、远程医疗会诊中心、放射诊断中心、检验中心、超声诊断中心、病理诊断中心、药剂科、输血科、功能检查科、内窥镜室、膳食营养科、消毒供应中心、临床技能培训中心、血液透析中心等临床和医技科室。
一、浙江省重点扶植学科：胸心外科。
二、浙江省重点学科：神经内科、肝胆外科、超级诊断科。
三、舟山市医学重点学科：心血管内科、骨科、感染性疾病科、医学细胞分子生物实验室。
四、舟山市卫生局医学重点学科：呼吸内科、口腔科、临床药学。
一、优势病种：肺癌、食管癌、纵膈肿瘤、气管肿瘤、支气管扩张、肺脓疡、脓胸、结核空洞、贲门失弛缓症、返流性食管炎、胸腺瘤、重症肌无力、胸廓畸形、鸡胸、漏斗胸、脑血管病（各种类型中风、脑供血不足、高血压脑病等）、癫痫、神经衰弱（失眠症、抑郁症、焦虑症等）、病毒性脑炎、脊髓炎、面神经炎、坐骨神经痛、颈椎病、重症肌无力、周期性麻痹、多发性神经炎、肌炎、肌病、帕金森病、老年性痴呆、共济失调、哮喘、新生儿疾病（新生儿黄疸、新生儿溶血病、新生儿肺炎、新生儿脐炎等)、呼吸系统感染性疾病（急性支气管炎、肺炎、毛细支气管炎等）、消化系统疾病（消化不良、小儿腹泻、急性胃炎、胃溃疡、十二指肠溃疡等）、小儿乳房早发育、身材矮小、肥胖等小儿内分泌疾病、先天性心脏病。
二、优势技术：冠心病介入诊断治疗、有创心内电生理检查及心律失常介入诊断治疗、各部位胆道结石的手术治疗、复杂疑难肝胆管结石的治疗、开腹手术中胆囊癌射频治疗、肝内外胆管癌根治性手术及引流术、各种类型阻塞性黄疸的手术治疗、先天性胆道疾病的手术治疗、氧驱动下雾化吸入治疗哮喘和支气管炎、碳酸氢钠稀释液洗胃治疗新生儿咽下综合征、无创呼吸机（N－CPAP）治疗轻中型新生儿呼吸窘迫综合症、机械通气进行呼吸支持治疗。
